衛福部去年提出主治醫師加班費免稅措施，因遲未實施而遭立委質疑，衛福部醫事司說明，已完成草案規畫，公、私立醫院醫師加班費免稅最快明年5月上路。台大醫院院長余忠仁指出，診所醫師薪資計入成本，約8成薪資免除稅賦，同為提供醫療照護的醫院受聘醫師卻無相應制度，有公平性疑慮，預期加班費免稅實施後，有助強化醫院醫師留任，不過對延攬新人仍幫助有限。

余忠仁指出，醫院醫師為受聘僱領取薪資，不像診所醫師可將薪資列為營業成本獲得免稅，為此，各界提出以加班費免稅作為解方，不過，主治醫師不受「勞基法」規範，在法規上無工時限制，卻經常需在深夜趕回醫院處理病人，在無法訂出工時情況下，醫界討論出可用「延長工時」取代「加班」定義，將上午8時至下午5時作為正常工時，額外部分則列為延長工時。

近期多家公立醫院開始要求主治醫師打卡，以便計算延長工時時數。余忠仁指出，台大醫院原先就有打卡機制，但主治醫師過去為責任制，不在要求打卡職類之中，將於近期跟進要求主治醫師打卡。他強調，醫院醫師與診所醫師是「同一種人」，都在執行醫療業務，稅賦不同有公平性疑慮，需設法解決避免相對剝奪感。

余忠仁透露，加班費免稅推動過程相當辛苦，主因是公私立醫院性質各自不同，公立醫院又分屬不同主管機關，如榮總體系屬退輔會、部立醫院體系屬衛福部、台大醫院等大學醫院則歸教育部，另還有軍醫院體系，大幅提升制度擬定時的複雜程度。

「醫師不會因為加班費免稅就選擇在醫院任職，但免稅可幫助留下醫院現有醫師。」余忠仁表示，為解決醫護人力議題，除藉由免稅制度留人，也建議政府藉此機會檢討健保制度。

余忠仁指出，健保總額成長，但民眾就醫需求也在成長，平均每人每年就醫次數，已從13次提升至16次，而醫院每年因病人疾病就醫次數增加，醫療相關支出「自然成長率」約4%，過去健保總額成長率約3%，醫院入不敷出，直至近年總額成長率才提升至5%以上，讓醫院除可應付支出成長，也能將收益用於提升員工薪資及福利。（時事新聞來源：聯合新聞網，2026.05.16）