根據審計部最新中央政府總決算審核報告指出， 近年養殖漁業產值逐年成長，但漁電共生公告區內大宗養殖魚種的魚塭數、魚塭面積、養殖戶數及放養量均呈下降趨勢。此外，已查核的漁電共生案場中，近7成未落實養殖事實。

審計部表示，據漁業署統計年報指出，台灣近年養殖漁業產值自2021年的321.19億元成長至2023年的379.47億元，產量卻由27.48 萬公噸減少至26.74 萬公噸，養殖漁業從業人數及戶數亦有減少趨勢。審計部指出，漁電共生政策推動以來，在西部沿海地區公告畫設漁電共生先行區及優先區，包括台南市、高雄市、彰化縣、雲林縣、嘉義縣、屏東縣等6市縣，主要養殖魚貝類以虱目魚、吳郭魚及文蛤為大宗。

另漁業署各年度魚塭放養申（查）報資料及養殖漁業放養查詢平台統計，2020至2024年度除文蛤魚塭數、面積及養殖戶數呈現增加趨勢外，虱目魚及吳郭魚的魚塭數、面積及養殖戶數均呈下降趨勢。

中華民國養殖漁業發展協會執行長侯彥隆表示，嘉南地區養虱目魚和吳郭魚的養殖戶較多，吳郭魚一斤現在大約20多元，但看往其他高價魚種，午仔魚一斤卻要110元左右，從收益來看，石斑、午仔魚的養殖戶反而不願做漁電共生，而虱目魚、吳郭魚等魚種價格較低，而租給光電業者的租金每年每公頃40萬，對漁民來說收入更穩定，也更有吸引力，當很多地主是願意出租給光電業者時，魚塭面積自然就會縮小。

侯彥隆說，早期淡水池都是養鰻魚，現在轉養吳郭魚、虱目魚、鱸魚等魚種，今年鰻苗量很多，很多漁民覺得鰻魚高單價，因此就會轉養高價魚種，也因為會輪流養殖不同魚種，魚塭面積減少對產業影響有但不大，魚價反而才是影響產業最直接的原因。

另審計部指出，截至2025年1月底止，各市縣已完工併網漁電共生案場393件，但僅查核122件（占31.04％），其中通過者37 件，待改善及遭廢止案件85件，即未落實養殖者占查核案件數122件的69.67％，主要是農業結合綠能設施未具養殖事實，與原核定養殖經營計畫不符。

農業部對此回應，將持續輔導及協助各市縣政府落實執行漁電共生案場養殖事實的查核，並精進查核制度強化稽查能量，若無養殖事實且逾期仍未改善者，市縣政府將予以廢止其農業容許處分，並通知能源主管機關處理，以汰除不良光電業者。（時事新聞來源：聯合新聞網，2025.09.07）