國務機要費除罪，民進黨立院黨團總召柯建銘指出國務機要費和特別費在預算、會計科目上，性質完全一樣；但是陳水扁國務機要費一審判決時，合議庭即以二五○頁篇幅論述兩者間用途、預算核銷方式等不同，法界批修法未研究這些事實，根本因人設事。

二○○九年九月國務機要費一審判決，詳述總統府國務機要預算科目從一九四九年開始的編列歷程，並指行政院主計處於二○○一年間，已不認為國務機要費與首長特別費有何性質類似或核銷方式一致之處，特別揭明特別費有用於公關所需的情況，且經訂定特別費列支標準，而國務機要費、行政機要費都是用於公務而非首長個人公關費用。二者可區分「無混淆餘地」。

常被搞混的機要費、機密費、特別費，用途其實不同，機要費指的是各機關因應執行業務需要，核定有案者；而為國防、外交業務需要，且必須保密者為機密費；特別費則是各機關首長、副首長因公務需要，經核定有案。

陳水扁等人一再辯稱國務機要費由歷史沿革來看，兼具特別費性質，應視同特別費項下的首長特別費，一經領據領出即已核銷完畢，屬私人款項，事後無從審查。

一審認為，從一九六三年度以後，中央政府的預算編列、經費核銷方式，已逐步法治化、制度化，一再沿用舊時已遭修正的預算科目名稱，甚至混淆，直接說國務機要費的前身曾以「特別費」或「機密費」的預算科目名義存在，是以訛傳訛。（時事新聞來源：聯合新聞網，2022.05.31）